为了自己的梦想，将“过去”与“未来”的悖谬宝可梦召唤到“现在”，从而打破了现在的生态平衡，造成了那些凶暴的宝可梦侵入了帕底亚地区的生态系统。
虽说后来的博士ai请求玩家、派帕、妮莫和牡丹来到第0区帮忙关闭时光机，但部分悖谬宝可梦还是来到了帕底亚地区。
直树不认同两位博士的梦想，但从继承了两位博士情感的ai的所作所为来看，或许在生命的最后时刻，他们也曾后悔过。
也正因如此，ai博士会做出改变，请求带着故勒顿的玩家来帮忙关闭时光机。
而与此同时，帕底亚巨坑深处，第四观测站。
通讯结束之后，奥琳博士与弗图博士走到外面，望向远处一片雷霆闪烁的山谷，以及不远处神情慵懒，卧在草地上闭目养神的那只故勒顿。
“它们还是无法做到和平相处啊……”奥琳博士道。
自从这只故勒顿与那只密勒顿被召唤而来之后，它们便一直在不停的进行领地斗争。
但谁也打不过谁，最终战成了平手，最后仿佛达成了某种协议一般，各自占据着一半的领地。
弗图博士若有所思：“密勒顿它们与现代的宝可梦一样，拥有着智慧与感情，想要让它们听话，是不是需要将其击败，得到认可呢？”
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